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Run: SRR21240055
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Run ID: SRR21240055

Sample name:

Date: 04-04-2023 00:06:09

Number of reads: 3760943

Percentage reads mapped: 81.73

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6438 p.Pro400Arg missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.24
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763022 c.-348C>A upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.2
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.15
rpoC 763088 c.-282C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763100 c.-270G>A upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763106 c.-264C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoB 763118 p.Glu1104Asp missense_variant 0.11
rpoC 763124 c.-246C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763127 c.-243G>A upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763130 p.Glu1108Asp missense_variant 0.12
rpoC 763148 c.-222G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763158 c.-212C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 764509 c.1140G>A synonymous_variant 0.13
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764518 c.1149C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764542 c.1173C>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764572 c.1203G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764578 c.1209C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764582 c.1213C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472287 n.442C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472298 n.453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472299 n.455_459delCCGGG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472327 n.482G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472671 n.826G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472685 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472844 n.999C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472866 n.1023dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473346 n.1501G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473365 n.1520C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474199 n.542G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474286 n.629C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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