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Run: ERR10796635
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Run ID: ERR10796635

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:57

Number of reads: 818359

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
folC 2747151 p.Ser150Gly missense_variant 0.33 para-aminosalicylic_acid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8933 c.1632G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9484 p.Ser728* stop_gained 0.33
fgd1 490912 p.Trp44Arg missense_variant 0.2
fgd1 491637 c.855C>T synonymous_variant 0.18
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.67
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoB 763048 p.Glu1081Gly missense_variant 0.2
rpoB 763264 p.Ala1153Glu missense_variant 0.18
rpoC 763853 p.Val162Ile missense_variant 0.15
rpoC 763872 p.Gly168Ala missense_variant 0.14
rpoC 764431 c.1062G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764446 c.1077T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764449 c.1080G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764452 c.1083T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764500 c.1131C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764527 c.1158C>T synonymous_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776702 c.1779C>T synonymous_variant 0.2
mmpR5 779009 p.Val7Asp missense_variant 0.18
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303461 p.Met177Ile missense_variant 0.4
fbiC 1303747 p.Thr273Ala missense_variant 1.0
fbiC 1305129 c.2199C>A synonymous_variant 0.17
Rv1258c 1406775 p.Ala189Val missense_variant 0.25
embR 1417369 c.-22C>A upstream_gene_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1471924 n.79_80insCAGCA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1471985 n.140T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472063 n.218C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472094 n.249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472129 n.284G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472304 n.459G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472314 n.469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472315 n.470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472331 n.488_489delGA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.37
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474123 n.466A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474201 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474201 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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