Run ID: 52d6fe2b-0a06-42e1-941a-e2c131f3c0de
Sample name:
Date: 28-06-2023 10:43:05
Number of reads: 77934
Percentage reads mapped: 1.61
Median coverage: 0
Strain:
Spoligotype:
Drug-resistance: Other
| Lineage | Family | RDs | Frequency |
|---|---|---|---|
| lineage6.3.1 | West-Africa 2 | RD702 | 0.36 |
| lineage3.1.2.2 | East-African-Indian | RD750 | 0.2 |
| Drug | Resistance | Supporting mutations | WHO confidence | Comment |
|---|---|---|---|---|
| rifampicin | ||||
| isoniazid | ||||
| ethambutol | ||||
| pyrazinamide | ||||
| moxifloxacin | ||||
| levofloxacin | ||||
| bedaquiline | ||||
| delamanid | ||||
| pretomanid | ||||
| linezolid | ||||
| streptomycin | rrs | n.888G>A | Uncertain significance | |
| amikacin | rrs | n.1402C>A | Uncertain significance | |
| n.1484G>T | Assoc w R - interim | |||
| kanamycin | rrs | n.1402C>A | Uncertain significance | |
| n.1484G>T | Assoc w R | |||
| capreomycin | rrs | n.1402C>A | Uncertain significance | |
| n.1484G>T | Assoc w R | |||
| clofazimine | ||||
| ethionamide | ||||
| para-aminosalicylic_acid | ||||
| cycloserine |
| Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs | Confidence | Comment |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 | streptomycin | Uncertain significance | |
| rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | kanamycin | Uncertain significance | |
| capreomycin | Uncertain significance | ||||||
| aminoglycosides | Uncertain significance | ||||||
| amikacin | Uncertain significance | ||||||
| rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 | kanamycin | Assoc w R | |
| capreomycin | Assoc w R | ||||||
| aminoglycosides | Uncertain significance | ||||||
| amikacin | Assoc w R - interim |
| Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs | Confidence |
|---|---|---|---|---|---|---|
| rpoC | 763552 | p.Tyr61* | stop_gained | 0.27 | rifampicin | |
| rpoC | 763558 | c.189C>T | synonymous_variant | 0.18 | rifampicin | |
| rpoC | 763570 | c.201G>C | synonymous_variant | 1.0 | rifampicin | |
| rpoC | 763573 | c.204G>C | synonymous_variant | 0.73 | rifampicin | |
| rpoC | 763594 | c.225C>T | synonymous_variant | 0.73 | rifampicin | |
| rpoC | 763621 | c.252C>A | synonymous_variant | 0.2 | rifampicin | |
| rpoC | 763622 | p.Ala85Ser | missense_variant | 0.9 | rifampicin | |
| rrs | 1472089 | n.244C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472094 | n.249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472102 | n.257G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472108 | n.263C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472128 | n.283G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472135 | n.290C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472138 | n.293C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472147 | n.302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472148 | n.303T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472153 | n.308G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472214 | n.369C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472215 | n.370A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472223 | n.378C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472228 | n.383G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472234 | n.389T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472240 | n.395G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472242 | n.397C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472245 | n.400C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472251 | n.406G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472252 | n.407G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472253 | n.408G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472256 | n.411T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472368 | n.523A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472396 | n.551A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472497 | n.652G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472498 | n.653C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472670 | n.825G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472673 | n.828T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472675 | n.830T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472677 | n.832C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472681 | n.837_838delTT | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472687 | n.842_843insC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472687 | n.842A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472734 | n.889C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472741 | n.896G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472754 | n.909G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472767 | n.922G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
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| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472825 | n.980G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472827 | n.982G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472955 | n.1110delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472958 | n.1113_1114insC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472963 | n.1118G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472982 | n.1137G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472987 | n.1141_1142insA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472993 | n.1148G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472996 | n.1151T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473047 | n.1202C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473089 | n.1244A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473091 | n.1246G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473093 | n.1248C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473094 | n.1249T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473099 | n.1254T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473120 | n.1275C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473122 | n.1277T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473129 | n.1284C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1473139 | n.1294T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473147 | n.1302G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1473157 | n.1312C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473164 | n.1319C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473199 | n.1356delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1473226 | n.1381C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473283 | n.1438T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473315 | n.1470T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.76 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473319 | n.1474C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473320 | n.1475G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473324 | n.1479G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrl | 1474186 | n.529A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 | linezolid | |
| rrl | 1474201 | n.545delT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | linezolid | |
| rrl | 1474201 | n.545T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | linezolid | |
| rrl | 1474218 | n.561T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 | linezolid | |
| rrl | 1474228 | n.571T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
| rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 | linezolid | |
| rrl | 1474252 | n.595T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | linezolid | |
| rrl | 1474253 | n.596A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 | linezolid | |
| rrl | 1474264 | n.607T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | linezolid | |
| rrl | 1474265 | n.608G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 | linezolid | |
| rrl | 1474266 | n.609T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 | linezolid | |
| rrl | 1474269 | n.612C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 | linezolid | |
| rrl | 1474269 | n.612C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 | linezolid | Uncertain significance |
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