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Run: ERR10796572
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Run ID: ERR10796572

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Date: 31-03-2023 11:11:43

Number of reads: 913138

Percentage reads mapped: 99.94

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6524 p.Arg429Cys missense_variant 0.22
gyrB 7232 p.Arg665Gly missense_variant 0.25
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8717 c.1416C>T synonymous_variant 0.25
gyrA 9169 c.1870delG frameshift_variant 0.25
gyrA 9201 p.Lys634Glu missense_variant 0.17
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9651 p.Ile784Val missense_variant 0.29
rpoB 761513 p.Glu569Asp missense_variant 1.0
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 0.29
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.29
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.29
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.33
rpoB 762242 c.2436G>A synonymous_variant 0.33
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.33
rpoB 762266 c.2460T>C synonymous_variant 0.33
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.71
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.36
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.8
rpoC 762932 c.-438G>T upstream_gene_variant 0.4
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.4
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.73
rpoC 762957 c.-413C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762971 c.-399G>A upstream_gene_variant 0.57
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.33
rpoC 763364 c.-6A>T upstream_gene_variant 0.33
rpoC 763642 c.273G>T synonymous_variant 0.33
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 763654 c.285C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.33
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.4
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.3
rpoC 763708 c.339G>A synonymous_variant 0.3
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.38
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.33
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.33
rpoC 763726 c.357C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 763732 c.363C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.29
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.33
rpoC 764804 p.Gln479* stop_gained 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766275 p.Ala969Val missense_variant 0.5
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781702 p.Ala48Glu missense_variant 0.29
rpsL 781708 p.Arg50Gln missense_variant 0.29
fbiC 1303399 p.Gln157* stop_gained 0.29
embR 1416845 p.Glu168Val missense_variant 0.33
atpE 1461035 c.-10G>A upstream_gene_variant 0.33
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472063 n.218C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472243 n.398G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472266 n.421C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472279 n.434T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472349 n.504A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472694 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472716 n.871C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473884 n.227C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473889 n.232G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473896 n.239C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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