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Run: SRR21727760
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Run ID: SRR21727760

Sample name:

Date: 04-04-2023 03:17:27

Number of reads: 1397979

Percentage reads mapped: 81.24

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472312 n.467G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472843 n.999dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472847 n.1002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472849 n.1005delT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474409 n.756_776delACCCACACGCGCATACGCGCG non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474435 n.778G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474437 n.782_784delATA non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474450 n.793T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475608 n.1951T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475634 n.1977G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475636 n.1979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475637 n.1980T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475638 n.1981C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475639 n.1982C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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