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Run: SRR7755655
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Run ID: SRR7755655

Sample name:

Date: 04-04-2023 20:13:20

Number of reads: 3714985

Percentage reads mapped: 79.93

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761534 c.1728G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761537 c.1731C>G synonymous_variant 0.1
rpoB 761558 c.1752C>G synonymous_variant 0.13
rpoB 761564 c.1758G>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761565 p.Met587Leu missense_variant 0.15
rpoB 761570 c.1764T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761573 c.1767C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761579 c.1773G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761600 c.1794T>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761603 c.1797C>G synonymous_variant 0.16
rpoB 761612 c.1806G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761615 c.1809A>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.19
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763504 c.135C>G synonymous_variant 0.19
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763540 c.171C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.26
rpoC 763551 p.Tyr61Ser missense_variant 0.25
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.24
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763648 c.279C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 763652 p.Ile95Leu missense_variant 0.18
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 763672 c.303C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763705 c.336G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763708 c.339G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764545 c.1176C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764561 p.Pro398Ala missense_variant 0.17
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.19
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.19
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.24
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764673 c.1305_1306insTTG conservative_inframe_insertion 0.21
rpoC 764676 p.Leu436Arg missense_variant 0.2
rpoC 764678 c.1310_1312delAGC disruptive_inframe_deletion 0.2
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.15
rpoC 764713 c.1344G>A synonymous_variant 0.12
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 765962 c.2593T>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473719 n.62G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473747 n.90C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473750 n.93C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473823 n.166T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473833 n.176G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1473836 n.179A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1473887 n.230T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1473899 n.242A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473924 n.267A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474641 n.984G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475093 n.1436C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475104 n.1447T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475108 n.1451C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475111 n.1454G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475119 n.1462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475124 n.1467A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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