Run ID: ERR1034647
Sample name:
Date: 31-03-2023 09:31:43
Number of reads: 2743361
Percentage reads mapped: 73.58
Strain: lineage4.1.1.3
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
lineage4.1.1.3 | Euro-American (X-type) | X1;X3 | RD193 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rpoC | 764363 | p.Gly332Arg | missense_variant | 0.96 | rifampicin |
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
katG | 2155167 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288827 | p.Val139Met | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
ahpC | 2726145 | c.-48G>A | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid |
embB | 4247429 | p.Met306Val | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
ethA | 4326876 | c.597delC | frameshift_variant | 1.0 | ethionamide, ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6579 | p.Ser447Tyr | missense_variant | 1.0 |
gyrB | 6608 | p.Val457Leu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 762854 | c.-516G>C | upstream_gene_variant | 0.13 |
rpoB | 762858 | p.Thr1018Ser | missense_variant | 0.15 |
rpoC | 762863 | c.-507T>C | upstream_gene_variant | 0.18 |
rpoB | 762879 | p.Met1025Leu | missense_variant | 0.2 |
rpoC | 762896 | c.-474G>C | upstream_gene_variant | 0.23 |
rpoC | 762917 | c.-453C>G | upstream_gene_variant | 0.25 |
rpoC | 762923 | c.-447C>G | upstream_gene_variant | 0.24 |
rpoC | 762926 | c.-444C>G | upstream_gene_variant | 0.23 |
rpoC | 762929 | c.-441G>C | upstream_gene_variant | 0.23 |
rpoC | 762947 | c.-423C>G | upstream_gene_variant | 0.19 |
rpoC | 762962 | c.-408C>T | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoC | 762965 | c.-405T>A | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoC | 763115 | c.-255T>C | upstream_gene_variant | 0.11 |
rpoB | 763126 | p.Pro1107Gln | missense_variant | 0.11 |
rpoC | 763133 | c.-237G>C | upstream_gene_variant | 0.12 |
rpoC | 763148 | c.-222G>C | upstream_gene_variant | 0.11 |
rpoC | 763456 | c.87A>G | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 763462 | c.93G>C | synonymous_variant | 0.17 |
rpoC | 763486 | c.117T>G | synonymous_variant | 0.24 |
rpoC | 763492 | c.123G>C | synonymous_variant | 0.25 |
rpoC | 763504 | c.135C>G | synonymous_variant | 0.28 |
rpoC | 763507 | c.138G>C | synonymous_variant | 0.28 |
rpoC | 763511 | p.Cys48Gly | missense_variant | 0.29 |
rpoC | 763517 | p.Lys50Gln | missense_variant | 0.27 |
rpoC | 763531 | c.162G>C | synonymous_variant | 0.24 |
rpoC | 763532 | p.Thr55Ser | missense_variant | 0.24 |
rpoC | 763546 | c.177A>G | synonymous_variant | 0.21 |
rpoC | 763550 | p.Tyr61Ala | missense_variant | 0.18 |
rpoC | 763573 | c.204G>C | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 764497 | c.1128A>G | synonymous_variant | 0.18 |
rpoC | 764498 | p.Ser377Ala | missense_variant | 0.18 |
rpoC | 764503 | c.1134G>C | synonymous_variant | 0.18 |
rpoC | 764521 | c.1152T>C | synonymous_variant | 0.26 |
rpoC | 764536 | c.1167G>C | synonymous_variant | 0.24 |
rpoC | 764539 | c.1170C>G | synonymous_variant | 0.21 |
rpoC | 764548 | c.1179G>T | synonymous_variant | 0.22 |
rpoC | 764549 | p.Pro394Thr | missense_variant | 0.22 |
rpoC | 764561 | p.Pro398Ala | missense_variant | 0.23 |
rpoC | 764575 | c.1206T>G | synonymous_variant | 0.26 |
rpoC | 764581 | c.1212T>C | synonymous_variant | 0.26 |
rpoC | 764582 | p.Leu405Met | missense_variant | 0.25 |
rpoC | 764611 | c.1242G>T | synonymous_variant | 0.27 |
rpoC | 764632 | c.1263T>C | synonymous_variant | 0.24 |
rpoC | 764650 | c.1281G>T | synonymous_variant | 0.27 |
rpoC | 764662 | c.1293G>C | synonymous_variant | 0.26 |
rpoC | 764671 | c.1302G>C | synonymous_variant | 0.23 |
rpoC | 764677 | c.1308C>G | synonymous_variant | 0.22 |
rpoC | 764706 | p.Leu446Gln | missense_variant | 0.15 |
rpoC | 764716 | c.1347G>C | synonymous_variant | 0.18 |
rpoC | 764722 | c.1353G>C | synonymous_variant | 0.16 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781817 | c.258G>T | synonymous_variant | 0.13 |
rpsL | 781829 | c.270G>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpsL | 781832 | c.273T>C | synonymous_variant | 0.15 |
rplC | 801354 | c.546G>A | synonymous_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472102 | n.257G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472240 | n.395G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472251 | n.406G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472498 | n.653C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472581 | n.736A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472694 | n.849C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472956 | n.1111T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472990 | n.1145A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473101 | n.1256C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473105 | n.1260G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473109 | n.1264T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1473122 | n.1277T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473147 | n.1302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473164 | n.1319C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1473290 | n.1445C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473291 | n.1446_1447insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473319 | n.1474C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1473324 | n.1479G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474151 | n.494C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474155 | n.498G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474164 | n.507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474183 | n.526T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1474184 | n.527C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474201 | n.544T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1474202 | n.545T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1474218 | n.561T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1474265 | n.608G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1474269 | n.612C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474275 | n.618T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474281 | n.624A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474287 | n.630T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474316 | n.659T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474348 | n.691C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474466 | n.809G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474476 | n.819C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474488 | n.831G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474496 | n.839C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474497 | n.840G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474506 | n.849C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1474507 | n.850G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1474516 | n.859C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474529 | n.872A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1474530 | n.873G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1474539 | n.882C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474540 | n.883T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1474558 | n.901G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1474583 | n.926C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1474601 | n.944C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1474632 | n.975G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1474636 | n.979A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1474637 | n.980C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1474638 | n.981C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1474639 | n.982G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1474673 | n.1016T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474675 | n.1018C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474676 | n.1019T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474722 | n.1065T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474723 | n.1066G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474736 | n.1079C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474749 | n.1092C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1474751 | n.1094G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1474752 | n.1096delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1474770 | n.1113G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1474783 | n.1126G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1474800 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474905 | n.1248T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474913 | n.1256T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474920 | n.1263G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475104 | n.1447T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1475108 | n.1451C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475111 | n.1454G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475114 | n.1457C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475116 | n.1459G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475119 | n.1462C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1475124 | n.1467A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1475129 | n.1472G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1475508 | n.1851A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475526 | n.1869C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475532 | n.1875A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475536 | n.1879C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475538 | n.1881T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475539 | n.1882A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475545 | n.1888T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475548 | n.1891C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475549 | n.1892T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475550 | n.1893A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475657 | n.2000A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475659 | n.2002G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475692 | n.2035G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475747 | n.2090A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475751 | n.2094C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475753 | n.2096C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475758 | n.2101A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475760 | n.2103C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475762 | n.2105G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475763 | n.2106C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475764 | n.2107A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475765 | n.2108A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475767 | n.2110G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475769 | n.2112T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475775 | n.2118G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475781 | n.2124T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1475884 | n.2227A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1475896 | n.2239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1475897 | n.2240T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1475916 | n.2259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1475943 | n.2286G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1475952 | n.2295A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1475963 | n.2306G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475970 | n.2313C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475977 | n.2320A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475988 | n.2331A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475997 | n.2340A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475998 | n.2341C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476001 | n.2344T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476115 | n.2458T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476131 | n.2474C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476160 | n.2503T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrl | 1476165 | n.2508T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1476201 | n.2544C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476245 | n.2588C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476281 | n.2624T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476297 | n.2640C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476298 | n.2641C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476300 | n.2643G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476309 | n.2652G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476337 | n.2680C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476515 | n.2858C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476540 | n.2883C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476544 | n.2887T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476566 | n.2909A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476585 | n.2928A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476603 | n.2946G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476614 | n.2957A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476619 | n.2962C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476628 | n.2971T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476629 | n.2972C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476630 | n.2973A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pepQ | 2860223 | p.Ser66Pro | missense_variant | 1.0 |
thyA | 3073806 | c.666C>G | synonymous_variant | 0.14 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3449616 | p.Met371Ile | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
clpC1 | 4039533 | p.Asn391Ser | missense_variant | 0.13 |
clpC1 | 4039550 | c.1155G>C | synonymous_variant | 0.15 |
clpC1 | 4039554 | p.Thr384Asn | missense_variant | 0.16 |
clpC1 | 4039565 | c.1140G>C | synonymous_variant | 0.16 |
clpC1 | 4039568 | p.Met379Ile | missense_variant | 0.16 |
clpC1 | 4039574 | p.Ala377Gly | missense_variant | 0.16 |
clpC1 | 4039577 | c.1128T>C | synonymous_variant | 0.16 |
clpC1 | 4039589 | c.1116G>C | synonymous_variant | 0.14 |
clpC1 | 4039593 | p.Arg371Lys | missense_variant | 0.13 |
clpC1 | 4039714 | p.Tyr331His | missense_variant | 0.12 |
clpC1 | 4039724 | c.981A>G | synonymous_variant | 0.13 |
clpC1 | 4039739 | c.966C>G | synonymous_variant | 0.14 |
clpC1 | 4039751 | c.954A>G | synonymous_variant | 0.14 |
clpC1 | 4039757 | c.948A>G | synonymous_variant | 0.14 |
clpC1 | 4039760 | c.945T>C | synonymous_variant | 0.14 |
clpC1 | 4039766 | c.939T>G | synonymous_variant | 0.15 |
clpC1 | 4039773 | p.Lys311Leu | missense_variant | 0.13 |
clpC1 | 4039778 | c.927A>G | synonymous_variant | 0.13 |
clpC1 | 4039784 | c.921C>T | synonymous_variant | 0.13 |
clpC1 | 4040000 | p.His235Lys | missense_variant | 0.11 |
clpC1 | 4040003 | c.702G>C | synonymous_variant | 0.12 |
clpC1 | 4040018 | c.687G>C | synonymous_variant | 0.15 |
clpC1 | 4040021 | c.684A>G | synonymous_variant | 0.14 |
clpC1 | 4040024 | c.681A>G | synonymous_variant | 0.15 |
clpC1 | 4040030 | c.675C>G | synonymous_variant | 0.16 |
clpC1 | 4040033 | c.672G>C | synonymous_variant | 0.17 |
clpC1 | 4040057 | c.648C>T | synonymous_variant | 0.19 |
clpC1 | 4040063 | c.642G>C | synonymous_variant | 0.2 |
clpC1 | 4040069 | c.636G>C | synonymous_variant | 0.18 |
clpC1 | 4040081 | p.Thr208Ser | missense_variant | 0.13 |
clpC1 | 4040084 | c.621C>G | synonymous_variant | 0.13 |
clpC1 | 4040087 | c.618G>C | synonymous_variant | 0.13 |
clpC1 | 4040090 | c.615T>G | synonymous_variant | 0.13 |
clpC1 | 4040096 | p.Val203Ile | missense_variant | 0.14 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embB | 4249408 | c.2895G>A | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338365 | p.Cys53Arg | missense_variant | 0.26 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338599 | c.-78A>C | upstream_gene_variant | 0.59 |