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Run: ERR1034647
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Run ID: ERR1034647

Sample name:

Date: 31-03-2023 09:31:43

Number of reads: 2743361

Percentage reads mapped: 73.58

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpoC 764363 p.Gly332Arg missense_variant 0.96 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155167 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288827 p.Val139Met missense_variant 1.0 pyrazinamide
ahpC 2726145 c.-48G>A upstream_gene_variant 1.0 isoniazid
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326876 c.597delC frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6579 p.Ser447Tyr missense_variant 1.0
gyrB 6608 p.Val457Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 762854 c.-516G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.15
rpoC 762863 c.-507T>C upstream_gene_variant 0.18
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.2
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.25
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762965 c.-405T>A upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoB 763126 p.Pro1107Gln missense_variant 0.11
rpoC 763133 c.-237G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763148 c.-222G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763456 c.87A>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763462 c.93G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763486 c.117T>G synonymous_variant 0.24
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763504 c.135C>G synonymous_variant 0.28
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.28
rpoC 763511 p.Cys48Gly missense_variant 0.29
rpoC 763517 p.Lys50Gln missense_variant 0.27
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 763532 p.Thr55Ser missense_variant 0.24
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.21
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.18
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.18
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.26
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.21
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764549 p.Pro394Thr missense_variant 0.22
rpoC 764561 p.Pro398Ala missense_variant 0.23
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.26
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.26
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.25
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.27
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.27
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.15
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764722 c.1353G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.13
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.15
rplC 801354 c.546G>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474184 n.527C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474275 n.618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474287 n.630T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1475108 n.1451C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475111 n.1454G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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