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Run: SRR11349211
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Run ID: SRR11349211

Sample name:

Date: 02-04-2023 20:56:00

Number of reads: 2043927

Percentage reads mapped: 29.18

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrB 6734 p.Asn499Asp missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.95 rifampicin
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31 streptomycin
fabG1 1673432 c.-8T>A upstream_gene_variant 1.0 isoniazid
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288852 c.389delT frameshift_variant 1.0 pyrazinamide, pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4327484 c.-11A>G upstream_gene_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.99
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 0.99
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.3
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.14
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.16
rpoC 763013 c.-357C>A upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763022 c.-348C>A upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.29
rpoC 763052 c.-318G>T upstream_gene_variant 0.31
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.33
rpoC 763058 c.-312C>G upstream_gene_variant 0.29
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.22
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.2
rpoC 763079 c.-291C>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 763082 c.-288C>A upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763085 c.-285C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763088 c.-282C>G upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763109 c.-261C>G upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.2
rpoB 763118 p.Glu1104Asp missense_variant 0.18
rpoC 763124 c.-246C>T upstream_gene_variant 0.18
rpoB 763130 p.Glu1108Asp missense_variant 0.19
rpoC 763136 c.-234C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763142 c.-228C>A upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763148 c.-222G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763157 c.-213G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763158 c.-212C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763169 c.-201A>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 767123 p.Val1252Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471852 n.7T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471862 n.17T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472027 n.183_189delACGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472037 n.192_193insCTTTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472296 n.454_458delTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472303 n.458G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474143 n.486T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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