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Run: SRR18002891
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Run ID: SRR18002891

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:08:04

Number of reads: 2993399

Percentage reads mapped: 58.82

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Phe missense_variant 0.98 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.37
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764857 c.1488G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764858 c.1489T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764869 c.1500C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764875 c.1506C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764887 c.1518G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764888 c.1519_1521delTTGinsCTC synonymous_variant 0.15
rpoC 764896 c.1527C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764902 c.1533C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764905 c.1536C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764911 c.1542A>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764913 p.Met515Lys missense_variant 0.15
rpoC 764920 c.1551G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764923 c.1554A>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764926 c.1557C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764932 c.1563C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764948 c.1579T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764953 c.1584G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764956 c.1587T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764957 p.Glu530Ser missense_variant 0.15
rpoC 764968 c.1599T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764971 c.1602C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764995 c.1626C>A synonymous_variant 0.16
rpoC 764998 c.1629G>T synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472080 n.235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473294 n.1449A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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