TB-Profiler result

Run: ERR10796564
Summary

Run ID: ERR10796564

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:36

Number of reads: 5763499

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5723 p.Ala162Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7771 p.Asp157Gly missense_variant 0.17
gyrA 7787 c.486G>A synonymous_variant 0.2
gyrA 7881 p.Leu194Met missense_variant 0.14
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9013 p.Thr571Asn missense_variant 0.2
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490954 p.Met58Val missense_variant 0.18
mshA 575191 c.-157C>A upstream_gene_variant 0.2
mshA 575240 c.-108G>A upstream_gene_variant 1.0
mshA 575410 c.63C>A synonymous_variant 0.33
ccsA 620378 p.Val163Glu missense_variant 0.2
rpoB 760746 p.Leu314Ile missense_variant 0.17
rpoB 760785 p.Leu327Met missense_variant 0.2
rpoB 761105 c.1299C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762248 c.2442G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 762827 c.-543G>C upstream_gene_variant 0.27
rpoB 762832 p.Ser1009Thr missense_variant 0.27
rpoC 762842 c.-528G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoB 762849 p.Tyr1015Asp missense_variant 0.2
rpoC 762857 c.-513C>G upstream_gene_variant 0.2
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.4
rpoC 762863 c.-507T>C upstream_gene_variant 0.29
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.67
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.63
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.63
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.65
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.61
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.46
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.42
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.4
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.33
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.42
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763034 c.-336C>A upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.22
rpoC 763585 c.216C>G synonymous_variant 0.21
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.2
rpoC 763606 c.237C>A synonymous_variant 0.2
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.16
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.43
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.43
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.43
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.18
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.82
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776304 p.Pro726Gln missense_variant 0.2
mmpR5 779173 p.Ala62Thr missense_variant 0.25
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781538 c.-22G>T upstream_gene_variant 0.17
rpsL 781737 p.Gln60Lys missense_variant 0.23
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.13
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.14
rplC 800792 c.-17G>T upstream_gene_variant 0.18
fbiC 1302814 c.-117C>T upstream_gene_variant 0.15
fbiC 1303910 p.Pro327Arg missense_variant 0.29
Rv1258c 1406612 p.Glu243Asp missense_variant 0.33
Rv1258c 1407247 p.Trp32Arg missense_variant 0.29
embR 1416754 c.594A>G synonymous_variant 0.2
embR 1416870 p.Glu160Gln missense_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471843 n.-3G>T upstream_gene_variant 0.15
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1471927 n.82T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471928 n.83T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471936 n.91A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1471981 n.136C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472314 n.469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472866 n.1023dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.66
rrl 1473390 n.-268A>C upstream_gene_variant 0.19
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474156 n.499G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474946 n.1289C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474948 n.1291C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474951 n.1294C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475194 n.1537C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475760 n.2103_2107delCCGCA non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475999 n.2342G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476664 n.3007T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476668 n.3011C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476675 n.3018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
inhA 1674974 p.Ile258Thr missense_variant 0.18
rpsA 1833727 c.186G>C synonymous_variant 0.22
rpsA 1833732 p.Pro64Leu missense_variant 0.22
rpsA 1833736 c.195C>T synonymous_variant 0.22
rpsA 1833742 c.201A>G synonymous_variant 0.22
rpsA 1833770 p.Asn77Asp missense_variant 0.18
rpsA 1833776 p.Val79Ile missense_variant 0.18
rpsA 1833781 c.240T>C synonymous_variant 0.18
rpsA 1833790 c.249T>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1833797 p.Val86Ile missense_variant 0.17
rpsA 1833979 c.438T>C synonymous_variant 0.16
rpsA 1833994 c.453G>C synonymous_variant 0.2
rpsA 1834009 c.468C>T synonymous_variant 0.2
rpsA 1834012 c.471G>C synonymous_variant 0.2
rpsA 1834015 c.474G>T synonymous_variant 0.2
rpsA 1834024 c.483G>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834034 p.Ile165Val missense_variant 0.19
rpsA 1834040 p.Lys167Arg missense_variant 0.21
rpsA 1834046 p.Ile169Leu missense_variant 0.19
rpsA 1834054 c.513C>G synonymous_variant 0.16
rpsA 1834060 c.519C>T synonymous_variant 0.19
rpsA 1834093 c.552G>C synonymous_variant 0.33
rpsA 1834096 c.555G>T synonymous_variant 0.24
rpsA 1834102 c.561T>C synonymous_variant 0.21
rpsA 1834108 c.567C>T synonymous_variant 0.22
rpsA 1834234 c.693G>C synonymous_variant 0.57
rpsA 1834240 c.699T>C synonymous_variant 0.57
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.5
rpsA 1834258 c.717G>A synonymous_variant 0.5
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.5
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.5
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.57
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.57
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.4
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.4
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.4
rpsA 1834327 c.786G>T synonymous_variant 0.5
rpsA 1834487 p.Gly316Cys missense_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102183 p.Arg287Met missense_variant 0.2
katG 2155246 p.Glu289Gly missense_variant 0.2
katG 2156092 p.Pro7His missense_variant 0.2
PPE35 2170371 p.Thr81Ser missense_variant 0.29
Rv1979c 2222625 c.540C>A synonymous_variant 0.18
Rv1979c 2223122 p.Gly15Ser missense_variant 0.2
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518350 p.Arg79His missense_variant 0.18
kasA 2518603 c.489G>A synonymous_variant 0.5
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
eis 2714862 c.471C>T synonymous_variant 0.4
ahpC 2726288 c.96C>A synonymous_variant 0.2
ahpC 2726308 p.Thr39Ile missense_variant 0.17
folC 2746958 p.Gly214Val missense_variant 0.25
folC 2747252 p.Ser116Ile missense_variant 0.25
pepQ 2860569 c.-151G>T upstream_gene_variant 0.22
Rv2752c 3065320 p.Ala291Gly missense_variant 0.14
thyX 3067244 c.702C>A synonymous_variant 0.25
thyX 3067390 p.Thr186Ala missense_variant 0.4
thyX 3068077 c.-132C>A upstream_gene_variant 0.33
thyA 3073685 p.Val263Ile missense_variant 0.2
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 0.89
thyA 3074164 p.Ala103Asp missense_variant 0.17
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087548 c.729C>A synonymous_variant 0.15
ald 3087550 p.Ala244Asp missense_variant 0.15
fbiD 3339048 c.-70C>A upstream_gene_variant 0.15
fbiD 3339553 p.Thr146Ala missense_variant 0.18
Rv3083 3448478 c.-25delG upstream_gene_variant 0.17
Rv3083 3448766 p.Thr88Ile missense_variant 0.2
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474843 p.Lys279Asn missense_variant 0.5
fprA 3474993 c.987G>T synonymous_variant 0.22
Rv3236c 3612129 p.Leu330Phe missense_variant 0.25
Rv3236c 3612193 c.924C>A synonymous_variant 0.29
fbiB 3642730 p.Gly399Asp missense_variant 0.22
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038322 p.Gly795Trp missense_variant 0.18
clpC1 4040611 p.His32Asn missense_variant 0.22
embC 4240178 c.316T>C synonymous_variant 0.25
embC 4241422 c.1560G>A synonymous_variant 0.18
embC 4242182 p.Ala774Ser missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242911 p.Gly1017Ser missense_variant 0.2
embA 4243281 p.Ala17Ser missense_variant 0.22
embB 4247951 p.Ser480Pro missense_variant 0.5
embB 4248709 c.2196C>T synonymous_variant 0.33
embB 4248863 p.Asn784Asp missense_variant 0.25
embB 4249607 p.Thr1032Ser missense_variant 0.25
aftB 4267653 p.Met395Thr missense_variant 0.33
ubiA 4269090 p.Phe248Leu missense_variant 0.2
ubiA 4269892 c.-59G>T upstream_gene_variant 0.29
ethA 4326483 p.Arg331Ser missense_variant 0.18
ethA 4326890 p.Ala195Val missense_variant 0.2
ethR 4327562 p.Ala5Glu missense_variant 0.22
whiB6 4338293 p.Ala77Ser missense_variant 0.2
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0