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Run: ERR10796564

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Run ID: ERR10796564

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:36

Number of reads: 5763499

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5723 p.Ala162Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7771 p.Asp157Gly missense_variant 0.17
gyrA 7787 c.486G>A synonymous_variant 0.2
gyrA 7881 p.Leu194Met missense_variant 0.14
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9013 p.Thr571Asn missense_variant 0.2
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490954 p.Met58Val missense_variant 0.18
mshA 575191 c.-157C>A upstream_gene_variant 0.2
mshA 575240 c.-108G>A upstream_gene_variant 1.0
mshA 575410 c.63C>A synonymous_variant 0.33
ccsA 620378 p.Val163Glu missense_variant 0.2
rpoB 760746 p.Leu314Ile missense_variant 0.17
rpoB 760785 p.Leu327Met missense_variant 0.2
rpoB 761105 c.1299C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762248 c.2442G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 762827 c.-543G>C upstream_gene_variant 0.27
rpoB 762832 p.Ser1009Thr missense_variant 0.27
rpoC 762842 c.-528G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoB 762849 p.Tyr1015Asp missense_variant 0.2
rpoC 762857 c.-513C>G upstream_gene_variant 0.2
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.4
rpoC 762863 c.-507T>C upstream_gene_variant 0.29
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.67
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.63
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.63
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.65
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.61
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.46
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.42
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.44
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.4
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.33
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.42
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763034 c.-336C>A upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.22
rpoC 763585 c.216C>G synonymous_variant 0.21
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.2
rpoC 763606 c.237C>A synonymous_variant 0.2
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.16
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.38
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.43
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.43
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.43
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.18
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.82
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776304 p.Pro726Gln missense_variant 0.2
mmpR5 779173 p.Ala62Thr missense_variant 0.25
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781538 c.-22G>T upstream_gene_variant 0.17
rpsL 781737 p.Gln60Lys missense_variant 0.23
rpsL 781760 c.201T>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.13
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.14
rplC 800792 c.-17G>T upstream_gene_variant 0.18
fbiC 1302814 c.-117C>T upstream_gene_variant 0.15
fbiC 1303910 p.Pro327Arg missense_variant 0.29
Rv1258c 1406612 p.Glu243Asp missense_variant 0.33
Rv1258c 1407247 p.Trp32Arg missense_variant 0.29
embR 1416754 c.594A>G synonymous_variant 0.2
embR 1416870 p.Glu160Gln missense_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471843 n.-3G>T upstream_gene_variant 0.15
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1471927 n.82T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471928 n.83T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471936 n.91A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1471981 n.136C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472314 n.469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472866 n.1023dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.66
rrl 1473390 n.-268A>C upstream_gene_variant 0.19
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474156 n.499G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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