TB-Profiler result

Run: SRR7131123

Summary

Run ID: SRR7131123

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:46:06

Number of reads: 1889157

Percentage reads mapped: 99.92

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other


Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576613 c.1266A>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.14
rpoB 762212 c.2406G>T synonymous_variant 0.14
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.3
rpoB 762236 c.2430G>C synonymous_variant 0.19
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.23
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.22
rpoB 762273 p.Ala823Ser missense_variant 0.19
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.16
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471853 n.8T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1471917 n.72G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1473676 n.19G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1473679 n.22T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1473696 n.39T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473697 n.40C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1473890 n.233T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474313 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475137 n.1480A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475498 n.1841C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475516 n.1859T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475552 n.1895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475602 n.1945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475717 n.2060C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102817 p.Leu76Val missense_variant 0.17
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2519071 p.Asp319Glu missense_variant 0.21
Rv2752c 3067180 c.-989C>A upstream_gene_variant 0.96
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038825 p.Ile627Thr missense_variant 0.9
panD 4044079 p.Val68Ala missense_variant 1.0
embC 4240409 p.Pro183Ala missense_variant 0.19
embA 4242520 c.-713G>T upstream_gene_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4247033 p.Ser174Arg missense_variant 0.15
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0