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Run: SRR18002941
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Run ID: SRR18002941

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:10:48

Number of reads: 2085859

Percentage reads mapped: 57.16

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.2 rifampicin
rpoB 761196 p.Leu464Met missense_variant 0.15 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.24
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.17
rpoB 761132 c.1326G>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761156 c.1350G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761180 c.1374A>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761189 c.1383T>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.11
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763606 c.237C>A synonymous_variant 0.14
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.16
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.2
rpoC 763655 p.Glu96Lys missense_variant 0.18
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.21
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.15
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.14
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472290 n.445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472312 n.467_468insC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472325 n.480G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472326 n.481T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472329 n.484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472368 n.523A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472870 n.1025T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
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