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Run: ERR752012
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Run ID: ERR752012

Sample name:

Date: 02-04-2023 04:53:09

Number of reads: 3463353

Percentage reads mapped: 71.52

Strain: lineage1.1.1.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;EAI5 RD239 1.0
lineage1.1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;ZERO RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.99 isoniazid
gid 4407830 p.Gln125* stop_gained 0.99 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490972 p.Arg64Ser missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760298 c.492G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.13
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762257 c.2451C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762929 c.-441G>A upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762953 c.-417G>A upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762959 c.-411G>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.25
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763004 c.-366G>A upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.18
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.17
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.17
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763052 c.-318G>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763468 c.99G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763483 c.114G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763486 c.117T>G synonymous_variant 0.25
rpoC 763504 c.135C>A synonymous_variant 0.33
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.34
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 0.35
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.32
rpoC 763537 c.168C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.36
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.37
rpoC 763558 c.189C>A synonymous_variant 0.38
rpoC 763570 c.201G>A synonymous_variant 0.34
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.35
rpoC 763597 c.228G>A synonymous_variant 0.27
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.26
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.27
rpoC 763652 p.Ile95Leu missense_variant 0.23
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763708 c.339G>T synonymous_variant 0.23
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763732 c.363C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.15
rpoC 763765 c.396T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764542 c.1173C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764548 c.1179G>A synonymous_variant 0.16
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.16
rpoC 764602 c.1233C>A synonymous_variant 0.15
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764668 c.1299C>A synonymous_variant 0.18
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764678 p.Lys437His missense_variant 0.16
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764705 p.Leu446Thr missense_variant 0.13
rpoC 764713 c.1344G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776246 c.2228_2234delAGGAAGC frameshift_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472005 n.160T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472023 n.178G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472245 n.400C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472380 n.535G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472506 n.661A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472572 n.727T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473157 n.1312C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473280 n.1435G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474171 n.514C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474201 n.544T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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