TB-Profiler result

Run: ERR752012

Summary

Run ID: ERR752012

Sample name:

Date: 02-04-2023 04:53:09

Number of reads: 3463353

Percentage reads mapped: 71.52

Strain: lineage1.1.1.1

Drug-resistance: HR-TB


Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;EAI5 RD239 1.0
lineage1.1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;ZERO RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.99 isoniazid
gid 4407830 p.Gln125* stop_gained 0.99 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490972 p.Arg64Ser missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760298 c.492G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.13
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762257 c.2451C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762929 c.-441G>A upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762953 c.-417G>A upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762959 c.-411G>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.25
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763004 c.-366G>A upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.18
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.17
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.17
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763052 c.-318G>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763468 c.99G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763483 c.114G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763486 c.117T>G synonymous_variant 0.25
rpoC 763504 c.135C>A synonymous_variant 0.33
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.34
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 0.35
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.32
rpoC 763537 c.168C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.36
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.37
rpoC 763558 c.189C>A synonymous_variant 0.38
rpoC 763570 c.201G>A synonymous_variant 0.34
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.35
rpoC 763597 c.228G>A synonymous_variant 0.27
rpoC 763621 c.252C>T synonymous_variant 0.26
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.27
rpoC 763652 p.Ile95Leu missense_variant 0.23
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763708 c.339G>T synonymous_variant 0.23
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763732 c.363C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.15
rpoC 763765 c.396T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764542 c.1173C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764548 c.1179G>A synonymous_variant 0.16
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.16
rpoC 764602 c.1233C>A synonymous_variant 0.15
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764668 c.1299C>A synonymous_variant 0.18
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764678 p.Lys437His missense_variant 0.16
rpoC 764701 c.1332C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764705 p.Leu446Thr missense_variant 0.13
rpoC 764713 c.1344G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776246 c.2228_2234delAGGAAGC frameshift_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472005 n.160T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472023 n.178G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472245 n.400C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472380 n.535G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472506 n.661A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472572 n.727T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473157 n.1312C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473280 n.1435G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474171 n.514C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474201 n.544T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474520 n.863A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474709 n.1052G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474822 n.1165G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474905 n.1248T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475176 n.1519G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475650 n.1993A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475655 n.1998T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1475697 n.2040C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475762 n.2105G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475963 n.2306G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475989 n.2332T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476019 n.2362G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476026 n.2369T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476033 n.2376T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476519 n.2862C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476534 n.2877A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476540 n.2883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476630 n.2973A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rpsA 1834040 p.Lys167Gln missense_variant 0.16
rpsA 1834043 p.Glu168Gln missense_variant 0.16
rpsA 1834046 p.Ile169Val missense_variant 0.17
rpsA 1834051 c.510G>A synonymous_variant 0.16
rpsA 1834069 c.528G>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834093 c.552G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834099 c.558C>G synonymous_variant 0.11
rpsA 1834102 c.561T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834319 p.Val260Ile missense_variant 0.87
rpsA 1834327 c.786G>C synonymous_variant 0.16
rpsA 1834354 c.813G>C synonymous_variant 0.21
rpsA 1834361 c.820T>C synonymous_variant 0.24
rpsA 1834366 c.825A>G synonymous_variant 0.22
rpsA 1834375 c.834G>C synonymous_variant 0.25
rpsA 1834378 c.837T>C synonymous_variant 0.25
rpsA 1834387 c.846C>T synonymous_variant 0.24
rpsA 1834390 c.849G>T synonymous_variant 0.23
rpsA 1834395 p.Arg285Gln missense_variant 0.24
rpsA 1834405 c.864C>T synonymous_variant 0.22
rpsA 1834411 c.870T>G synonymous_variant 0.18
rpsA 1834416 p.Ala292Val missense_variant 0.18
rpsA 1834423 c.882G>T synonymous_variant 0.17
rpsA 1834451 c.910_912delTTGinsCTC synonymous_variant 0.15
rpsA 1834459 c.918G>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834468 c.927A>G synonymous_variant 0.14
rpsA 1834474 c.933C>G synonymous_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
Rv3083 3449322 c.819A>G synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
rpoA 3878630 c.-124delC upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039865 c.840T>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4039875 p.Asn277Arg missense_variant 0.1
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 0.99
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4244096 c.864C>T synonymous_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 0.98
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338242 p.Gln94Glu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0
gid 4408308 c.-106C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4408413 c.-211C>T upstream_gene_variant 1.0