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Run: SRR18002984
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Run ID: SRR18002984

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:12:39

Number of reads: 1460926

Percentage reads mapped: 50.04

Strain: lineage2.2.2

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.99
lineage2.2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD105/RD207 RD105;RD207 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289077 c.162_164delGGG disruptive_inframe_deletion 1.0 pyrazinamide
embB 4248002 p.Gln497Lys missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762427 p.Ser874Tyr missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776356 p.Leu709Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406276 c.1065G>A synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474112 n.455T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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