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Run: SRR5818586
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Run ID: SRR5818586

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:37:35

Number of reads: 1317719

Percentage reads mapped: 37.83

Strain: lineage4.2.2.2

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 0.99
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 0.99
lineage4.2.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.26 rifampicin
rpoB 761196 p.Leu464Met missense_variant 0.16 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8688 p.Ala463Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.2
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761097 c.1291_1292delAGinsTC synonymous_variant 0.15
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.19
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761138 c.1332C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.18
rpoB 761156 c.1350G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.26
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.26
rpoB 761174 c.1368T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761180 c.1374A>C synonymous_variant 0.19
rpoB 761186 p.Glu460Asp missense_variant 0.18
rpoB 761189 c.1383T>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761213 c.1407G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761489 c.1683G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 762026 c.2220G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.27
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.26
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.25
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.27
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.28
rpoB 762083 c.2277T>G synonymous_variant 0.24
rpoB 762084 p.Ala760Pro missense_variant 0.24
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 0.31
rpoB 762125 p.Glu773Asp missense_variant 0.25
rpoB 762126 p.Val774Met missense_variant 0.25
rpoB 762129 p.Leu775Ile missense_variant 0.25
rpoB 762135 p.Asp777Asn missense_variant 0.24
rpoB 762140 c.2334G>C synonymous_variant 0.24
rpoB 762143 c.2337T>C synonymous_variant 0.24
rpoB 762149 c.2343G>C synonymous_variant 0.25
rpoB 762156 p.Val784Ile missense_variant 0.26
rpoB 762167 c.2361T>C synonymous_variant 0.22
rpoB 762176 c.2370T>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762180 p.Asp792Thr missense_variant 0.16
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762209 c.2403C>G synonymous_variant 0.11
rpoB 762832 p.Ser1009Thr missense_variant 0.11
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 0.17
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.17
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.3
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.29
rpoB 763002 c.3197dupA frameshift_variant 0.2
rpoB 763006 c.3201delC frameshift_variant 0.21
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.23
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.25
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.28
rpoC 763040 c.-330C>G upstream_gene_variant 0.21
rpoB 763046 p.Gln1080His missense_variant 0.17
rpoB 763050 p.Leu1082Met missense_variant 0.14
rpoB 763053 p.Leu1083Met missense_variant 0.15
rpoC 763453 c.84C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763456 c.87A>G synonymous_variant 0.18
rpoC 763462 c.93G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.33
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.34
rpoC 763496 p.Lys43Arg missense_variant 0.27
rpoC 763528 c.159G>T synonymous_variant 0.3
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.36
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.35
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.33
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.32
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.29
rpoC 763609 c.240C>G synonymous_variant 0.27
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.32
rpoC 763627 p.Lys86Asn missense_variant 0.27
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.33
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.34
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.28
rpoC 763661 p.Ala98Arg missense_variant 0.23
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763699 c.330G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763727 p.Leu120Val missense_variant 0.13
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.16
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.12
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764551 c.1182G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.28
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.3
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.35
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.31
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.31
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 764651 c.1282_1284delTCGinsAGC synonymous_variant 0.28
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764681 p.Leu438Met missense_variant 0.29
rpoC 764696 c.1327C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.24
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.23
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471985 n.140T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472096 n.251T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472100 n.255T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472288 n.443A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472289 n.444T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472290 n.445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472368 n.523A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472701 n.856T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472849 n.1004C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472863 n.1018T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472866 n.1021C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472869 n.1024G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472870 n.1025T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472878 n.1033G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472879 n.1034T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472896 n.1051T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472969 n.1125delC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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