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Run: ERR10796628
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Run ID: ERR10796628

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:51

Number of reads: 5893773

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575737 c.390T>C synonymous_variant 0.15
mshA 575746 c.399C>G synonymous_variant 0.15
mshA 575767 c.420G>A synonymous_variant 0.12
mshA 575772 p.Val142Ala missense_variant 0.12
mshA 575779 c.432A>G synonymous_variant 0.11
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.3
mshA 576113 p.Arg256Gly missense_variant 0.31
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.14
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.14
rpoC 763627 p.Lys86Asn missense_variant 0.13
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764914 p.Met515Ile missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472849 n.1004C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472863 n.1018T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472866 n.1021C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472869 n.1024G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472870 n.1025T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472878 n.1033G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472879 n.1034T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.11
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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