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Run: SRR15316595
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Run ID: SRR15316595

Sample name:

Date: 03-04-2023 13:41:23

Number of reads: 5383449

Percentage reads mapped: 62.38

Strain: lineage4.4.2

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.2 Euro-American T1;T2 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.23 rifampicin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 760982 c.1176G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 760997 c.1191G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761006 c.1200C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761013 p.Val403Ile missense_variant 0.13
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 0.15
rpoB 761037 c.1231_1233delTTGinsCTC synonymous_variant 0.15
rpoB 761046 p.Ile414Val missense_variant 0.15
rpoB 761051 c.1245G>T synonymous_variant 0.16
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761063 c.1257C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 761084 c.1278C>G synonymous_variant 0.24
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.24
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 0.25
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.26
rpoB 761126 c.1320G>C synonymous_variant 0.25
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.23
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.24
rpoB 761138 c.1332C>G synonymous_variant 0.23
rpoB 761147 c.1341C>T synonymous_variant 0.23
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.23
rpoB 761153 c.1347G>C synonymous_variant 0.23
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.23
rpoB 761162 c.1356G>C synonymous_variant 0.22
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.23
rpoB 761168 c.1362C>G synonymous_variant 0.23
rpoB 761171 c.1365C>T synonymous_variant 0.23
rpoB 761180 c.1374A>C synonymous_variant 0.21
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 0.21
rpoB 761196 p.Leu464Val missense_variant 0.21
rpoB 761213 c.1407G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 761234 c.1428G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761249 c.1443A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 762849 p.Tyr1015Glu missense_variant 0.11
rpoC 762854 c.-516G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.15
rpoC 762863 c.-507T>C upstream_gene_variant 0.16
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.14
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762983 c.-387C>A upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762989 c.-381G>A upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763468 c.99G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763483 c.114G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763504 c.135C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 763511 p.Cys48Gly missense_variant 0.14
rpoC 763517 p.Lys50Gln missense_variant 0.14
rpoC 763528 c.159G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763532 p.Thr55Ser missense_variant 0.14
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.15
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763576 c.207C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.16
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.99
embR 1417523 c.-176C>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472670 n.825G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472860 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472862 n.1017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474265 n.608G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474275 n.618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474286 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474310 n.655delG non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474708 n.1052dupG non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474711 n.1054_1055insA non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474778 n.1121C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475060 n.1404delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475067 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475068 n.1411A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475076 n.1419C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475078 n.1421T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475079 n.1422T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475084 n.1427G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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