TB-Profiler result

Run: ERR10796597

Summary

Run ID: ERR10796597

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:12

Number of reads: 2701816

Percentage reads mapped: 99.87

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other


Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6296 p.Gly353Ser missense_variant 0.33
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 0.8
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9394 p.Ser698Leu missense_variant 0.6
gyrA 9655 p.Arg785His missense_variant 0.29
ccsA 620807 p.Asn306Ile missense_variant 0.5
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.88
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.79
rpoC 762932 c.-438G>T upstream_gene_variant 0.68
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.76
rpoC 762957 c.-413C>T upstream_gene_variant 0.73
rpoC 762971 c.-399G>A upstream_gene_variant 0.76
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.62
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.86
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.81
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.6
rpoC 763013 c.-357C>A upstream_gene_variant 0.6
rpoC 763022 c.-348C>T upstream_gene_variant 0.6
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.6
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.43
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.38
rpoC 763079 c.-291C>A upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763088 c.-282C>G upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763109 c.-261C>G upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763871 p.Gly168Cys missense_variant 0.4
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775614 p.Ala956Glu missense_variant 0.67
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776303 c.2177delC frameshift_variant 0.22
mmpL5 777011 c.1470A>G synonymous_variant 0.18
mmpL5 777122 c.1359C>T synonymous_variant 0.18
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801221 p.Ser138Asn missense_variant 0.25
fbiC 1305050 p.Thr707Met missense_variant 0.29
fbiC 1305424 p.Glu832Lys missense_variant 0.67
Rv1258c 1406479 p.Arg288Gly missense_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471850 n.7_8delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472026 n.180dupA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472427 n.582T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472844 n.999C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472845 n.1000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472866 n.1021C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473201 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473346 n.1501G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473365 n.1520C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1473390 n.-268A>T upstream_gene_variant 0.72
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473717 n.60G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473747 n.90C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474201 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474201 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474282 n.625G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474439 n.782A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474440 n.783T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474629 n.972G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474945 n.1288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475099 n.1442G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475499 n.1842C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475707 n.2050T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476080 n.2423T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476085 n.2428G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476097 n.2440C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476100 n.2443A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476116 n.2459A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476605 n.2948C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
inhA 1674748 p.Gly183Ser missense_variant 0.86
tlyA 1917808 c.-132C>T upstream_gene_variant 0.67
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102454 p.Leu197Met missense_variant 0.4
katG 2155677 c.435C>T synonymous_variant 0.5
PPE35 2168176 p.Gln813* stop_gained 0.22
Rv1979c 2222703 c.462C>T synonymous_variant 0.4
Rv1979c 2222749 p.Leu139Gln missense_variant 0.5
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288907 p.Asn112Ser missense_variant 0.33
pncA 2290211 c.-970G>T upstream_gene_variant 0.5
kasA 2518096 c.-19G>A upstream_gene_variant 0.2
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
Rv2752c 3065824 p.Pro123Leu missense_variant 1.0
thyA 3073778 c.694C>T synonymous_variant 0.22
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 0.5
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474276 c.270C>T synonymous_variant 0.5
fprA 3474440 p.Leu145Pro missense_variant 0.4
fprA 3475330 p.Val442Phe missense_variant 0.25
alr 3840263 c.1158C>A synonymous_variant 0.25
alr 3841341 p.Pro27Leu missense_variant 0.5
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039188 p.Arg506Gln missense_variant 0.33
clpC1 4039366 p.Ala447Thr missense_variant 0.29
clpC1 4039865 c.840T>C synonymous_variant 0.18
clpC1 4039871 c.834C>G synonymous_variant 0.2
clpC1 4039875 p.Asn277Arg missense_variant 0.22
clpC1 4039916 c.789T>C synonymous_variant 0.2
embC 4240204 c.342T>A synonymous_variant 0.4
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243307 c.75G>T synonymous_variant 0.25
embA 4245083 c.1851A>G synonymous_variant 1.0
embB 4249045 c.2532G>A synonymous_variant 0.29
embB 4249688 p.Arg1059Ser missense_variant 0.4
embB 4249799 p.Ile1096Val missense_variant 0.29
ubiA 4269797 p.Leu13Met missense_variant 0.5
whiB6 4338563 c.-42G>T upstream_gene_variant 0.5
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0