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Run: ERR10796597
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Run ID: ERR10796597

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:12

Number of reads: 2701816

Percentage reads mapped: 99.87

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6296 p.Gly353Ser missense_variant 0.33
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 0.8
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9394 p.Ser698Leu missense_variant 0.6
gyrA 9655 p.Arg785His missense_variant 0.29
ccsA 620807 p.Asn306Ile missense_variant 0.5
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.88
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.79
rpoC 762932 c.-438G>T upstream_gene_variant 0.68
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.76
rpoC 762957 c.-413C>T upstream_gene_variant 0.73
rpoC 762971 c.-399G>A upstream_gene_variant 0.76
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.62
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.86
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.81
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.6
rpoC 763013 c.-357C>A upstream_gene_variant 0.6
rpoC 763022 c.-348C>T upstream_gene_variant 0.6
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.6
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.43
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.38
rpoC 763079 c.-291C>A upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763088 c.-282C>G upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763094 c.-276G>C upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.3
rpoC 763109 c.-261C>G upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763871 p.Gly168Cys missense_variant 0.4
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775614 p.Ala956Glu missense_variant 0.67
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776303 c.2177delC frameshift_variant 0.22
mmpL5 777011 c.1470A>G synonymous_variant 0.18
mmpL5 777122 c.1359C>T synonymous_variant 0.18
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801221 p.Ser138Asn missense_variant 0.25
fbiC 1305050 p.Thr707Met missense_variant 0.29
fbiC 1305424 p.Glu832Lys missense_variant 0.67
Rv1258c 1406479 p.Arg288Gly missense_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471850 n.7_8delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472026 n.180dupA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472427 n.582T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472844 n.999C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472845 n.1000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472866 n.1021C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473201 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473346 n.1501G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473365 n.1520C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1473390 n.-268A>T upstream_gene_variant 0.72
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473717 n.60G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473747 n.90C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474201 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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