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Run: SRR18002981
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Run ID: SRR18002981

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:12:35

Number of reads: 1674475

Percentage reads mapped: 53.88

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 0.98
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.27
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 761990 c.2184G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761999 c.2193G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762003 p.Asn733Gln missense_variant 0.12
rpoB 762009 p.Leu735Val missense_variant 0.12
rpoB 762016 p.Glu737Ala missense_variant 0.13
rpoB 762024 p.Val740Met missense_variant 0.13
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.12
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762086 c.2280G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.12
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.11
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 0.98
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781401 c.-159T>A upstream_gene_variant 0.96
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472844 n.999_1000insT non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472849 n.1005delT non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472856 n.1012delA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472861 n.1018dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474082 n.425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474112 n.455T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474282 n.625G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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