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Run: ERR2027257
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Run ID: ERR2027257

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Date: 31-03-2023 15:41:23

Number of reads: 1174941

Percentage reads mapped: 67.42

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.19
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.14
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.17
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.13
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.17
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.19
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.13
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.15
rpoC 763606 c.237C>A synonymous_variant 0.17
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.21
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.2
rpoC 763655 p.Glu96Lys missense_variant 0.18
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305445 p.Gly839Cys missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472290 n.445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472295 n.450A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472425 n.580T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472459 n.614_615insCCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472467 n.622G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472484 n.639A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472839 n.995_996delAG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472843 n.998A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472869 n.1024_1025insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472874 n.1030delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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