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Run: SRR9971333
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Run ID: SRR9971333

Sample name:

Date: 04-04-2023 23:23:25

Number of reads: 3894778

Percentage reads mapped: 76.15

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.92 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288782 p.Arg154Gly missense_variant 0.99 pyrazinamide
ald 3087278 c.464delG frameshift_variant 1.0 cycloserine
embA 4243217 c.-16C>G upstream_gene_variant 1.0 ethambutol
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326279 c.1192_1194dupGTG conservative_inframe_insertion 1.0 ethionamide
ethA 4326604 c.869dupA frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
gid 4407898 c.304delC frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.27
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761021 c.1215G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 0.13
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.11
rpoB 761066 c.1260G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761084 c.1278C>A synonymous_variant 0.12
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.12
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761126 c.1320G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762285 p.Arg827Cys missense_variant 0.99
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 763532 p.Thr55Ser missense_variant 0.26
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.32
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 763603 c.234C>T synonymous_variant 0.31
rpoC 763609 c.240C>T synonymous_variant 0.3
rpoC 763612 c.243G>A synonymous_variant 0.29
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.3
rpoC 763630 c.261G>C synonymous_variant 0.28
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 763657 c.288G>A synonymous_variant 0.24
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.23
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 763705 c.336G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763714 c.345G>A synonymous_variant 0.13
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763720 c.351G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764405 c.1036A>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764428 c.1059G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764431 c.1062G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764435 c.1066_1068delAGGinsCGC synonymous_variant 0.1
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 0.11
rpoC 764446 c.1077T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764449 c.1080G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764548 c.1179G>A synonymous_variant 0.16
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764576 c.1207_1208delTCinsAG synonymous_variant 0.15
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.15
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764620 c.1251G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764695 c.1326T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.24
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764722 c.1353G>C synonymous_variant 0.28
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 764752 c.1383G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764767 c.1398G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764780 c.1411_1413delAGCinsTCG synonymous_variant 0.22
rpoC 764791 c.1422C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764804 p.Gln479Tyr missense_variant 0.16
rpoC 764812 c.1443C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764815 c.1446A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764824 c.1455T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764837 p.Val490Ile missense_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781435 c.-125G>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471972 n.127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471981 n.136C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472287 n.442C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472297 n.453_454delGT non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472495 n.650C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472837 n.992C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472848 n.1003T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472851 n.1006A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472854 n.1009G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472856 n.1011T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472860 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472865 n.1020_1021insA non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472878 n.1033G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1473833 n.176_177insT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473922 n.265A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474286 n.629_630insAG non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474289 n.632C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474290 n.633T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474291 n.634T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474294 n.638_652delCTCTCCGGAGGAGGG non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474381 n.724T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474409 n.756_776delACCCACACGCGCATACGCGCG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474437 n.782_784delATA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474450 n.793T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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