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Run: SRR18002998
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Run ID: SRR18002998

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:13:16

Number of reads: 1366287

Percentage reads mapped: 33.3

Strain: lineage2.2.2

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD105/RD207 RD105;RD207 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761110 p.Asp435Gly missense_variant 0.78 rifampicin
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.21 rifampicin
rpoB 761161 p.Leu452Pro missense_variant 0.82 rifampicin
rpoB 761196 p.Leu464Met missense_variant 0.14 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embB 4247730 p.Gly406Asp missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4327333 c.140delT frameshift_variant 0.95 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491023 p.Tyr81His missense_variant 0.11
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.33
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.16
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.2
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.19
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761156 c.1350G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761180 c.1374A>C synonymous_variant 0.19
rpoB 761189 c.1383T>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.11
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.12
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.1
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.2
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776356 p.Leu709Ile missense_variant 1.0
mmpR5 779146 p.Ser53Ala missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800798 c.-11T>C upstream_gene_variant 0.12
Rv1258c 1406276 c.1065G>A synonymous_variant 0.96
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471912 n.67G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472080 n.235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472207 n.362A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472844 n.999_1000insT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472849 n.1005delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472856 n.1012delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472861 n.1018dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
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rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474282 n.625G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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