Run ID: 1f6b2f48-89c7-4fe4-9fa0-5eba488905dd
Sample name:
Date: 28-11-2022 16:47:58
Number of reads: 53555
Percentage reads mapped: 0.16
Median coverage: 0
Strain: lineage4.9
Spoligotype:
Drug-resistance: Other
| Lineage | Family | RDs | Frequency |
|---|---|---|---|
| lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | None | 1.0 |
| lineage1.2.1.2 | Indo-Oceanic | RD239 | 0.72 |
| Drug | Resistance | Supporting mutations | WHO confidence | Comment |
|---|---|---|---|---|
| rifampicin | ||||
| isoniazid | ||||
| ethambutol | ||||
| pyrazinamide | ||||
| moxifloxacin | ||||
| levofloxacin | ||||
| bedaquiline | ||||
| delamanid | ||||
| pretomanid | ||||
| linezolid | ||||
| streptomycin | rrs | n.799C>T | Uncertain significance | |
| n.888G>A | Uncertain significance | |||
| amikacin | rrs | n.1402C>A | Uncertain significance | |
| n.1484G>T | Assoc w R - interim | |||
| kanamycin | rrs | n.1402C>A | Uncertain significance | |
| n.1484G>T | Assoc w R | |||
| capreomycin | rrs | n.1402C>A | Uncertain significance | |
| n.1484G>T | Assoc w R | |||
| clofazimine | ||||
| ethionamide | ||||
| para-aminosalicylic_acid | ||||
| cycloserine |
| Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs | Confidence | Comment |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | streptomycin | Uncertain significance | |
| rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 | streptomycin | Uncertain significance | |
| rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 | kanamycin | Uncertain significance | |
| capreomycin | Uncertain significance | ||||||
| aminoglycosides | Uncertain significance | ||||||
| amikacin | Uncertain significance | ||||||
| rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 | kanamycin | Assoc w R | |
| capreomycin | Assoc w R | ||||||
| aminoglycosides | Uncertain significance | ||||||
| amikacin | Assoc w R - interim |
| Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs | Confidence |
|---|---|---|---|---|---|---|
| rrs | 1472075 | n.230A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472078 | n.233C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472083 | n.238G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472089 | n.244C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472094 | n.249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472108 | n.263C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472128 | n.283G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472129 | n.284G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472135 | n.290C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472138 | n.293C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472147 | n.302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472151 | n.306C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472153 | n.308G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472213 | n.368G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472214 | n.369C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472215 | n.370A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472222 | n.377G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472229 | n.384C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472234 | n.389T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472235 | n.390G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472236 | n.391C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472240 | n.395G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472242 | n.397C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472253 | n.408G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472258 | n.413A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472277 | n.432C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472282 | n.437T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472284 | n.439C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472379 | n.534T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472484 | n.639A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472489 | n.644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472494 | n.649A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472496 | n.651T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472496 | n.651T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472498 | n.653C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472513 | n.668T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472549 | n.704G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472573 | n.728C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472581 | n.736A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472582 | n.737G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472583 | n.738T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472597 | n.752G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472608 | n.763T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472643 | n.798A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472647 | n.802C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472655 | n.810G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472686 | n.841G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472687 | n.842A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472692 | n.847T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472707 | n.862A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472755 | n.910G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472825 | n.980G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472880 | n.1035G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472892 | n.1047T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472951 | n.1106T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472953 | n.1108G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1472970 | n.1126delG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472974 | n.1129A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472975 | n.1130T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472977 | n.1132G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472982 | n.1137G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473001 | n.1156G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473002 | n.1157G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473008 | n.1163C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473009 | n.1164T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473020 | n.1175T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473101 | n.1256C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | Uncertain significance | |||||
| rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473270 | n.1425G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | linezolid | |
| kanamycin | ||||||
| capreomycin | ||||||
| amikacin | ||||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
| rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 | linezolid | |
| kanamycin | Uncertain significance | |||||
| capreomycin | Uncertain significance | |||||
| amikacin | Uncertain significance | |||||
| aminoglycosides | ||||||
| streptomycin | ||||||
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