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Run: SRR18002947
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Run ID: SRR18002947

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:11:00

Number of reads: 991697

Percentage reads mapped: 28.41

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.21 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8911 p.Gln537Arg missense_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620561 p.Thr224Ile missense_variant 0.12
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761030 c.1224G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.21
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.17
rpoB 761084 c.1278C>A synonymous_variant 0.19
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.19
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 0.17
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.17
rpoB 761126 c.1320G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.22
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.22
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.21
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.2
rpoB 761386 p.Ala527Val missense_variant 0.12
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762143 c.2337T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762149 c.2343G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762176 c.2370T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762178 p.Arg791Pro missense_variant 0.13
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 0.13
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.36
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.36
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.31
rpoB 762871 p.Met1022Thr missense_variant 0.3
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 0.28
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.29
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.23
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.26
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.29
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.32
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.33
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.33
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.33
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.23
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.23
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.24
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.24
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.26
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.28
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.24
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.29
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.17
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.22
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.26
rpoC 763655 p.Glu96Lys missense_variant 0.14
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.22
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763672 c.303C>A synonymous_variant 0.14
rpoC 763675 c.306C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 763681 c.312C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763702 c.333C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763705 c.336G>A synonymous_variant 0.15
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.23
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.22
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.18
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764491 c.1122G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.26
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.23
rpoC 764548 c.1179G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.28
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.27
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.32
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.34
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.37
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.26
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.24
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.18
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.24
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 765529 c.2160C>T synonymous_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304919 c.1989C>T synonymous_variant 0.12
fbiC 1305243 c.2313T>C synonymous_variant 0.11
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472067 n.222G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472080 n.235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472445 n.601dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472842 n.997G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472843 n.998A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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