TB-Profiler result

Run: SRR13888750
Summary

Run ID: SRR13888750

Sample name:

Date: 03-04-2023 09:41:53

Number of reads: 1246515

Percentage reads mapped: 73.39

Strain: La2

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La2 M.caprae None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6307 c.-995T>G upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7275 c.-27C>T upstream_gene_variant 0.98
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759719 c.-88C>A upstream_gene_variant 0.98
rpoB 760920 p.Leu372Met missense_variant 0.12
rpoB 760946 c.1140A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 760997 c.1191G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 0.13
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762005 p.Asn733Lys missense_variant 0.12
rpoB 762026 c.2220G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.17
rpoB 762065 c.2259T>G synonymous_variant 0.16
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762083 c.2277T>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762084 p.Ala760Lys missense_variant 0.15
rpoB 762101 c.2295C>G synonymous_variant 0.18
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 0.15
rpoB 762117 p.Ser771Gly missense_variant 0.12
rpoB 762125 p.Glu773Asp missense_variant 0.15
rpoB 762131 c.2325C>G synonymous_variant 0.14
rpoB 762137 c.2331C>T synonymous_variant 0.11
rpoB 762140 c.2334G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762143 c.2337T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762149 c.2343G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762156 p.Val784Ile missense_variant 0.14
rpoB 762167 c.2361T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 0.11
rpoB 762909 p.Ile1035Leu missense_variant 0.12
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.17
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.16
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.17
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.16
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763609 c.240C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763652 p.Ile95Val missense_variant 0.13
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763696 c.327T>A synonymous_variant 0.12
rpoC 763702 c.333C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763703 c.334_336delTCGinsAGC synonymous_variant 0.12
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763741 c.372C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764359 c.990C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764371 c.1002G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764377 c.1008C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764380 c.1011G>C synonymous_variant 0.19
rpoC 764387 c.1018_1020delTTGinsCTC synonymous_variant 0.19
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 0.21
rpoC 764428 c.1059G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764431 c.1062G>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.23
rpoC 764435 c.1066A>C synonymous_variant 0.23
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 0.22
rpoC 764449 c.1080G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764455 c.1086G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.26
rpoC 764470 c.1101C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.3
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.3
rpoC 764500 c.1131C>G synonymous_variant 0.3
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.3
rpoC 764507 p.Ala380Ser missense_variant 0.31
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.31
rpoC 764527 c.1158C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.34
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764548 c.1179G>A synonymous_variant 0.22
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.28
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.21
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.27
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764646 p.Gly426Ala missense_variant 0.21
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 764663 p.Val432Asn missense_variant 0.21
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764679 p.Lys437Ser missense_variant 0.16
rpoC 764705 p.Leu446Gly missense_variant 0.14
rpoC 764716 c.1347G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764737 c.1368G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764752 c.1383G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764780 p.Ser471Ala missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406212 p.His377Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472092 n.247C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472120 n.275G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472287 n.442C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472312 n.467_468insA non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472425 n.580T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472451 n.606C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472456 n.611T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472460 n.615T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472461 n.616G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472467 n.622G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472486 n.641A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472495 n.650C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472791 n.946G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472856 n.1012delA non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472876 n.1032delT non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472880 n.1036_1037dupCA non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473065 n.1220C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473286 n.1441C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473707 n.50T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473728 n.71A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473743 n.86C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473754 n.97G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473789 n.132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473797 n.140G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473806 n.149C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473814 n.157A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473815 n.158T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473822 n.165A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474135 n.478G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474308 n.653_654delTG non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474352 n.696_699delACAT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474359 n.703_704insGTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474406 n.749T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474409 n.756_774delACCCACACGCGCATACGCG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474435 n.779_783delTGAAT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474636 n.979A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474651 n.995delT non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474660 n.1003G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474662 n.1005C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474688 n.1031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474709 n.1053delT non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474715 n.1061delA non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474777 n.1120T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474917 n.1260G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475060 n.1404delC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475067 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475068 n.1411A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475076 n.1419C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475078 n.1421T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475079 n.1422T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475508 n.1851A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475532 n.1875A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475624 n.1967G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475628 n.1971G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475633 n.1976G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475642 n.1985T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475706 n.2049A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475769 n.2112_2113insTC non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475982 n.2325G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475996 n.2339T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476026 n.2369T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476045 n.2388G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476081 n.2424A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476082 n.2425T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476085 n.2429_2430delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476089 n.2432_2433insTC non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476100 n.2443A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476113 n.2456T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476261 n.2604A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476268 n.2611A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476275 n.2618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476299 n.2642C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476308 n.2651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476443 n.2786G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476455 n.2798C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476528 n.2871A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476539 n.2882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476572 n.2915G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476573 n.2916A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476624 n.2967T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476625 n.2968C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
inhA 1673766 c.-436C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsA 1834240 c.699T>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.14
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.16
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.16
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.16
rpsA 1834303 c.762T>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.16
rpsA 1834310 p.Glu257Lys missense_variant 0.14
rpsA 1834316 p.Thr259Ser missense_variant 0.13
rpsA 1834336 c.795C>G synonymous_variant 0.11
rpsA 1834345 c.804C>T synonymous_variant 0.11
rpsA 1834348 c.807T>C synonymous_variant 0.21
rpsA 1834354 c.813G>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834357 c.816T>C synonymous_variant 0.2
rpsA 1834360 c.819G>C synonymous_variant 0.19
rpsA 1834361 c.820T>C synonymous_variant 0.19
rpsA 1834366 c.825A>G synonymous_variant 0.19
rpsA 1834369 c.828C>G synonymous_variant 0.14
rpsA 1834378 c.837T>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1834384 c.843A>G synonymous_variant 0.18
rpsA 1834395 p.Arg285Gln missense_variant 0.17
rpsA 1834398 p.His286Leu missense_variant 0.12
rpsA 1834417 c.876G>C synonymous_variant 0.16
rpsA 1834423 c.882G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834427 p.Ile296Val missense_variant 0.16
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168364 p.Thr750Met missense_variant 1.0
PPE35 2168748 c.1850_1864delCACCCCAAATAAGTA disruptive_inframe_deletion 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
eis 2714317 p.Arg339Gln missense_variant 1.0
thyX 3067262 c.684C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4039904 c.801A>G synonymous_variant 0.16
clpC1 4039929 c.775_776delAGinsTC synonymous_variant 0.14
clpC1 4039931 c.774T>C synonymous_variant 0.13
clpC1 4039937 c.768G>C synonymous_variant 0.13
clpC1 4039943 c.762G>C synonymous_variant 0.12
clpC1 4039946 c.759A>C synonymous_variant 0.12
clpC1 4039952 c.753T>C synonymous_variant 0.12
clpC1 4039958 c.747G>C synonymous_variant 0.13
clpC1 4039994 p.Glu237Asp missense_variant 0.15
clpC1 4040024 c.681A>G synonymous_variant 0.16
clpC1 4040033 c.672G>C synonymous_variant 0.16
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242970 c.-263C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
embB 4248647 p.Gly712Ser missense_variant 1.0
aftB 4267782 p.Val352Gly missense_variant 1.0
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
ubiA 4269088 p.Ala249Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0